论文查重合格率的设定依据主要包括两个方面：一是学术机构或期刊的规定，不同的学术机构或期刊对于论文查重合格率的设定标准可能有所不同，一般来说，学术期刊会规定一定的查重合格率作为录用的标准；二是学术界的通行标准，有些学术界公认的查重合格率标准也会被广泛采纳。因此，作者在准备论文时应该根据所投稿刊物的要求和学术界的标准来设定合格率。

另外，论文查重合格率的设定依据还可能受到学科领域、研究对象等因素的影响。有些学科对于查重合格率的要求可能更为严格，而有些学科则相对宽松。在设定论文查重合格率时，作者还应该考虑到自身研究领域的特点，以确保论文符合学术规范并通过查重检测。